Dewan Pelindung adalah unsur kehormatan tertinggi dalam struktur NPC Indonesia. Terdiri dari Presiden Republik Indonesia, Menteri Pemuda dan Olahraga, dan Gubernur Jawa Tengah, dewan ini berperan sebagai simbol dukungan negara terhadap pengembangan olahraga disabilitas nasional. Mereka menjadi pelindung moral dan strategis yang memperkuat legitimasi NPC Indonesia dalam menjalin kerja sama lintas sektor serta memastikan isu olahraga disabilitas mendapat perhatian prioritas dalam kebijakan pemerintah.

Dewan Penasehat adalah sekelompok tokoh berpengalaman yang memberikan arahan, saran strategis, dan pandangan jangka panjang bagi pengurus NPC Indonesia. Anggota Dewan Penasehat berasal dari berbagai latar belakang, termasuk militer, birokrasi, dan pemerintahan daerah, sehingga menghadirkan perspektif luas untuk mendukung kemajuan organisasi. Dewan Penasehat berperan sebagai mitra berpikir (think tank) yang membantu NPC Indonesia merumuskan kebijakan pembinaan, tata kelola, dan pengembangan organisasi yang berkelanjutan.

Dewan Pertimbangan Pusat adalah unsur strategis yang mendampingi Badan Pengurus Harian dalam pengambilan keputusan penting. Anggotanya terdiri dari Ketua, Sekretaris, dan beberapa anggota. Dewan ini memberikan pertimbangan, masukan, dan telaah mendalam terhadap rencana program, kebijakan organisasi, dan isu-isu strategis. Kehadiran Dewan Pertimbangan bertujuan memastikan setiap kebijakan NPC Indonesia dijalankan dengan prinsip kehati-hatian, inklusivitas, dan keberlanjutan, demi mencapai visi kesetaraan dalam pembinaan olahraga difabel.

BPH adalah struktur eksekutif tertinggi NPC Indonesia yang bertanggung jawab menjalankan roda organisasi sehari-hari. Dipimpin oleh Ketua Umum, BPH terdiri dari Sekretaris Jenderal, Wakil Sekretaris Jenderal, Bendahara Umum dan Wakilnya, serta para Ketua Bidang. BPH merancang, melaksanakan, dan mengevaluasi program kerja organisasi di bidang organisasi, pembinaan prestasi, perencanaan anggaran, kesejahteraan, pendidikan, dan penelitian. BPH menjadi pusat kendali yang memastikan setiap unit organisasi bekerja selaras dengan visi, misi, dan kebijakan NPC Indonesia.